Hauptorgel
1653 — Neubau des Orgelbauers Sebald Manderscheidt (Freiburg / Üechtland) in einem Gehäuse des Luzerner Bildhauers Niklaus Geisler. Im 18. Jahrhundert durch Anderhalden und Bossart erweitert und umgebaut.
1988 — die Orgel wurde durch Orgelbau Goll AG (Luzern) restauriert und rekonstruiert. Das Instrument hat 33 Register auf drei Manualen und Pedal.
Chororgel
1651 — Bau einer Orgel, vermutlich durch Niklaus Schönenbüel, Alpnach
1990 — Restaurierung durch Orgelbau Graf AG, Sursee
Truhenorgel
Zusätzlich verfügt die Franziskanerkirche über eine Truhenorgel der Firma Goll aus dem Jahr 2003.